1.治理難度更大

有機廢氣一般都存在著易燃易爆、有毒有害等多種不利因素，并且大部分的有機廢氣都不溶于水以及有機溶劑中，而無機廢氣基本上都不存在這些問題，所以和無機廢氣治理比較起來，有機廢氣治理的難度更大，因此在治理的過程中要更多的考慮安全因素。

2.治理方式不同

在進行有機廢氣治理的時候，根據有機污染物的類型及其濃度、有機廢氣的排氣溫度和排放流量、顆粒物含量以及需要達到的污染物控制水平等多種因素而使用的治理方式也有所不同，目前冷凝法、吸附法、吸收法、催化燃燒法等，而其中最為先進的則是分子篩技術。但是，無機廢氣治理一般都之用噴淋法與水洗法即可。

3.再利用程度不同

有機廢氣治理方式中很多吸附性的材料都是可以重復利用的，例如活性炭纖維和分子篩晶體，在吸附體達到飽和狀體之后可以通過再生功能將所吸附的有機氣體進行分解，從而使吸附體獲得再生，可以循環利用。而無機廢氣治理則不存在再生利用。

由于廢氣污染中本身就存在有機污染和無機污染，所以很多企業在治理的時候需要同時將有機廢氣治理和無機廢氣治理進行聯合使用，這樣才能確保有效的對廢氣進行凈化，讓污染減少到最小程度。